1279 wird „Hoyerstorpe“ zum ersten Mal urkundlich erwähnt. Schon vorher müssen Menschen auf seinem Gebiet gelebt haben. Darauf deuten Funde von stein-zeitlichen Werkzeugen und die Reste einer mittelalterlichen Turmhügelburg hin, die als Bodendenkmal in der Nähe des heutigen Dorfplatzes zu finden sind. Als Schleswig-Holstein 1867 preußische Provinz wird, bekommt das Dorf seinen jetzigen Namen: Hoisdorf.
Die heutige Struktur des Ortes spiegelt seine historische Entwicklung deutlich wider. Auf der einen Seite gibt es im südöstlichen Teil das alte Bauerndorf mit seinem Dorfplatz, den großen Bauernhäusern, der alten Dorfschule und dem Gasthof. Das Gewässer des Naturschutzgebietes „Hoisdorfer Teiche“ trennt das alte Dorf von den im Nordwesten des Ortsgebietes nach dem 2. Weltkrieg entstandenen Wohngebieten. Hier finden sich auch die öffentlichen Einrichtungen wie Grundschule, Sportanlagen und Kindertagesstätte. 1976 kam es zu einer erheblichen Erweiterung des Ortsgebietes. Oetjendorf kam im Rahmen der Gebietsreform zu Hoisdorf.
Obwohl die Landwirtschaft nach wie vor ein prägendes Element des Dorfes ist, bestimmen heute zunehmend Menschen das Leben im Dorf, die in Hamburg oder Ahrensburg ihre Berufe ausüben. Hoisdorf ist zu einem beliebten Wohnort geworden.